Aciculaire : Ce dit des organes en forme d’aiguille

Aerobie/aérobe : se dit d'un organisme tolérant la présence d'oxygène pour vivre. L'aérobiose est dite stricte ou obligatoire si l'organisme nécessite la présence d'oxygène pour croître.

Aérocyste (ou flotteur) : Partie du thalle, en forme de vésicule, assurant une certaine flottabilité en raison du gaz qu’elle contient.

Agar-Agar : Substance gélatineuse extraite de certaines algues marines et utilisée pour solidifier les milieux de culture et aussi dans l'alimentation. 

Agarophyte : Algue rouge (par exemple Gelidium ou Gracilaria) dont les parois cellulaires contiennent de I’agar.

Alginates ou acide alginique: Substances insolubles gélatineuses que l'on trouve à l'état de sels dans certaines algues.

Alginophyte : Algue brune (par exemple Laminaria, Cystoseira) dont les parois cellulaires contiennent de l’acide alginique.

Algues : Végétaux aquatiques, pourvus de chlorophylle, mais dépourvus de véritables tiges, racines, feuilles et vaisseaux.

Amibe : une amibe est un type de cellule eucaryote qui se déplace en utilisant des pseudopodes qui sont des extensions cytoplasmiques dynamiques fabriquées à l'aide du cytosquelette d'actine. Elles peuvent être uni- ou pluri-nucléées.

Amidon : Polysaccharide de réserve (à base de glucose), chez les Chlorophytes; localisé à l’intérieur des plastes (intraplastidial).

Amidon cyanophycéen (ou Cyanamylon) : Polysaccharide (à base de glucose), chez les Cyanophytes; souvent rapproché du glycogène.

Amidon floridéen (ou Rhodamylon) : Polysaccharide de réserve (à base de glucose), chez les Rhodophytes; localisé dans le cytoplasme (donc extraplastidial).

Amont/Aval : L’amont et l’aval d’un cours d’eau ne peuvent être traités séparément. Peu importe où vous vous trouvez sur le bord d’un cours d’eau, l’amont est le côté d’où vient le courant alors que l’aval est le côté vers lequel descend le courant.

Anabolisme : ensemble des réactions du métabolisme qui participent à l'élaboration de la matière organique complexe à partir d'éléments plus simples. Exemples: photosynthèse, biosynthèse des protéines...

Anaérobie/anaérobe: se dit d'un organisme tolérant l'absence d'oxygène pour vivre. L'anaérobiose est dite stricte ou obligatoire si l'organisme meurt en présence d'oxygène.

Anisogamie : Union de Deux gamètes morphologiquement dissemblables.
Anoxie : Manque en oxygène qui caractérise l’interface entre les sédiments et les eaux les plus profondes de certains lacs.
Anthéridie : Organe contenant les gamètes mâles: gamétocyste mâle.
Anthérozoïde : Gamète mâle
Apex, Apical : Qui se trouve au sommet d’un organe
Aquaculture : Elevage en milieu artificiel ou naturel de plantes et d'organismes aquatiques dans des conditions contrôlées, à des fins commerciales (médicales ou alimentaires).
Archégone : Organe contenant l’oosphère.

Archéoplastidié : Type de structure plastidiale caractérisant les algues qui possèdent un seul plaste par cellule.
Ascomycète : Champignons dont les spores naissent dans des asques.
Asque : Organe contenant les spores.

Aseptiques: Conditions aseptiques : conditions stériles, sans organismes indésirables.

Autogamie : Chez les Champignons, fusion par paire de noyaux à polarités différentes à l’intérieur d’un même article ou plasmode.
Autotrophe : Organisme capable de faire la synthèse d'éléments nutritifs organiques directement à partir d'éléments inorganiques comme l'oxyde de carbone, l'azote et le phosphore.
Azote : Élément nutritif essentiel au développement des végétaux aquatiques. Le symbole chimique de l’azote est N.
Baside : Sporocyste caractéristique des Basidiomycètes.
Basidiospore : Spore exogène produite par une baside.
Basidiomycète : Champignons dont les spores naissent sur des basides.
Bassin de sédimentation : Bassin aménagé dont le but est de laisser reposer l’eau contenant des matières en suspension (MES) pendant une période plus ou moins longue. Cette opération permet aux MES de se déposer au fond du bassin rendant ainsi l’eau plus claire.
Bassin versant : Le bassin versant d’un plan d’eau correspond au territoire sur lequel l’ensemble des eaux (tributaires, eaux de ruissellement) finissent par rejoindre ce même plan d’eau. Le bassin versant est délimité par la ligne de partage des eaux qui passe par les points les plus élevés qui ceinturent le bassin.
Benthique : Qui vit dans les fonds marins. Se rapporter à benthos.
Benthos : Organismes vivant sur le fond de la mer ou enfouis sous celui-ci. On distingue le phytobenthos (végétaux) du zoobenthos (animaux).

Berges : Partie latérale plus ou moins escarpée du lit d’un lac ou d’un cours d’eau qui peut être submergée sans que les eaux ne débordent.
Biodiversité : Variété et abondance relative des espèces vivantes (végétales, animales) d’un milieu.
Biomasse : Masse de tous les organismes vivant sur une superficie donnée.
Blépharoplaste : Granule situé à la base de flagelle : mastigosome.
Caroténoïdes : Classe de pigments comprenant le carotène que l'on trouve dans le beurre, les carottes, les algues et les carapaces de crustacés. Le caroténoïde est utilisé comme un pigment photosynthétique dans les cellules végétales dépourvues de chlorophylle.
Carpogone : Cellule sexuelle femelle (prolongée par un trichogyne) chez les gamétophytes de Rhodophytes; Gamétocyste de certaines algues rouges dont le contenu (gamète) n’est pas libéré.

Carpophore : ou sporophore Partie apparente des champignons et siège des organes de reproduction (basides ou asques)

Carpospore : Spore non flagellée, formée dans un carposporocyste (chez les Rhodophytes) et considérée

généralement comme diploïde.

Carposporophyte : Génération (généralement diploïde) correspondant aux gonimoblastes, chez les Rhodophytes; toujours parasite du gamétophyte femelle.

Carrageenines : Substance extraite de certaines algues marines et servant d'émulsifiant en cuisine.
Caryogamie : Fusion des noyaux

Catabolisme : Ensemble des réactions du métabolisme qui participent à la dégradation de la matière organique en éléments plus simples. Exemples: glycolyse, respiration...

Cellulose: Un composant organique de bois, de la paille etc., qui se dégrade plus facilement que la lignine. C’est le matériau brut à partir duquel on fabrique du papier. Les déchets de coton contiennent de grandes quantités de cellulose. La sciure de bois contient de la cellulose, de l’hémicellulose et de la lignine.

Conceptacle : Cavité dans le thalle de certaines espèces (comme les Fucales) où sont localisés les organes reproducteurs.

Champignonnière: Une champignonnière est un lieu de culture de champignons. Elles sont installées en milieux sombres et humides, aux conditions idéales pour le développement des champignons. Le plus souvent on y cultive l'agaricus, plus connu sous le nom de champignon de Paris ou champignon de couche mais on peut aussi cultiver la pleurote, la truffe, la morille, le pied-bleu, le champignon noir et le shiitaké pour les plus courants.

Chimio-autotrophie (lithotrophie): autotrophie où la source d'énergie est un potentiel chimique. Exemple de chimio-autotrophes : bactéries du genre Thiothrix utilisant H₂S comme source d'énergie et l'oxydant en SO₄^2-.

Chlorophylle a : Pigment vert présent dans les cellules des plantes et des algues qui joue un rôle essentiel dans la photosynthèse. Puisque la chlorophylle a est directement liée à la quantité d’algues en suspension dans l’eau, on mesure sa concentration pour déterminer le niveau trophique d’un lac.
Coenocytique : Structure formée d’une masse cytoplasmique non cloisonnée renfermant plusieurs noyaux : syncytium.

Coliformes fécaux : Bactéries intestinales provenant des excréments produits par les animaux à sang chaud, incluant l’humain et les oiseaux. Leur présence dans l’eau est indicatrice d’une contamination fécale et de la présence potentielle de microorganismes pathogènes susceptibles d’affecter la santé animale et humaine.

Conidie : Spore assurant la reproduction asexuée des champignons : conidiospore.

Conidiophore : Filament d’un Champignon portant des conidies

Cortex : Couche externe dure du pied de certains champignons

Crampons : Filaments servant à fixer un organisme Thallophyte au substrat

Croissance diffuse : Type de croissance où la plupart des cellules du thalle sont capables de se diviser.

Crue : Élévation du niveau d’un cours d’eau, due à des pluies abondantes ou à la fonte des neiges.
Cuticule : Membrane superficielle recouvrant le chapeau des champignons.

Cyanobactéries : Les cyanobactéries, aussi appelées algues bleues ou algues bleu-vert, ressemblent beaucoup aux algues aquatiques, mais s’apparentent aux bactéries. Elles possèdent des pigments qui leur confèrent une coloration généralement bleu-vert. Plusieurs cyanobactéries peuvent utiliser l’azote gazeux et sont donc grandement favorisées par des eaux riches en phosphore. De plus, certaines espèces produisent des toxines et peuvent ainsi rendre l’eau toxique.

Cyste : Toute cellule fertile chez les Thallophytes (sporocyste, gamétocyste, zoïdocyste).

Cystides : Sorte de poils stériles accompagnant les basides chez beaucoup de champignons.

Cystocarpe : Chez les Rhodophytes, organe de reproduction (“fruit”) porté par les gamétophytes femelles; constitué par le gonimoblaste (carposporophyte) et par une enveloppe protectrice de cellules appartenant au gamétophyte.

Cystogamie : Reproduction chez les Champignons Zygomycètes et les Algues Zygophycées : Conjugaison.
Dangeardie : Elément des sporophytes d’Ascomycètes et de Basidiomycètes constitué de deux ou trois cellules qui proviennent d’une division très spéciale d’une cellule mère dicaryotique.
Débit : Le débit est une quantité d’eau qui s’écoule pour une unité de temps donnée. Par exemple, un cours d’eau pourrait avoir un débit de 7 litres par secondes.

Diatomées : Algues microscopiques qui peuvent devenir visibles en colonies ou enfermées dans une coque siliceuse. Elles sont les principaux constituants du phytoplancton.

Dicaryon : Noyaux conjugués associés par paire. Ils se divisent toujours simultanément par des mitoses.

Dichotome : Type de ramification qui, à partir d’un rameau unique, engendre 2 rameaux fils identiques.
Différenciation : Acquisition par la cellule de propriétés physiologiques qui lui permettent d’assurer des fonctions déterminées.

Dioïque : Espèce où il existe deux types indépendants d’individu fertile, l’un engendrant les gamétes mâles et l’autre les femelles

Écosystème : Ensemble comprenant les organismes et le milieu naturel dans lequel ils vivent. Dans un écosystème, il y a des organismes vivants (végétaux, animaux, bactéries, etc.) et des éléments non vivants qui sont en relation et forment un système en équilibre.

Embouchure : L’embouchure est la partie où le cours d’eau se termine, là où il se jette dans un autre cours d’eau. On utilise également se terme pour définir l’endroit où un lac se déverse (synonyme : exutoire).

Endolithique : Qui vit dans les roches ou tout autre substrat présentant des caractères semblables, comme les coquilles par exemple (les substrats colonisés sont souvent calcaires).

Endophytique : Qui vit à l’intérieur des tissus d’un végétal.

Endozoïque : Qui vit à l’intérieur des tissus d’un animal.

Energide : Unité physiologique d’une structure Coenocytique constituée par un noyau et le cytoplasme qui l’entoure.

Envasement : Surélévation du fond d’une étendue d’eau ou du lit d’un cours d’eau à la suite d’un dépôt de sédiments.

Epilithique : Qui vit à la surface des rochers.

Épiphyte : Algue qui croît sur une autre ou fixée à celle-ci, s'en servant uniquement comme un support.

Epizoïque : Qui vit sur un animal.
Érosion : Mécanisme où les particules du sol sont détachées et déplacées de leur point d’origine. En général, le principal élément déclencheur de l’érosion est l’eau.

Espèces: Unité fondamentale de classification biologique. En général deux individus appartiennent à la même espèce s’ils peuvent produire des descendants fertiles.

Étang : Étendue d’eau reposant dans une cuvette dont la profondeur n’excède généralement pas deux mètres au milieu de l’été. Le couvert végétal, s’il existe, se compose surtout de plantes aquatiques submergées et flottantes.

Étiage : L’étiage est le niveau le plus bas atteint par un cours d’eau ou un lac au cours d’une année. (Synonyme : basses eaux).

Euphotique : Caractérise les couches de l'océan qui reçoivent suffisamment de lumière pour permettre la photosynthèse.

Eutrophe : Se dit d’un plan d’eau riche en nutriments (azote et surtout phosphore) et en matière végétale. Il s’agit d’un stade avancé d’eutrophisation qui conduit entre autres à une modification des communautés animales, à un accroissement de la matière organique et à un déficit d’oxygène dans les eaux profondes.

Eutrophisation : L’eutrophisation, aussi appelée vieillissement d’un plan d’eau, est l’enrichissement en matières organiques et en éléments nutritifs qui conduit à la prolifération des végétaux aquatiques. La multiplication et la décomposition de ces végétaux entraînent des modifications de la qualité de l’eau dont l’appauvrissement de l’oxygène des eaux profondes ainsi que des changements biologiques telle la mortalité de certaines espèces de poissons.

Extraplastidial : Qui se trouve à l’extérieur du plaste. N.B. un pyrénoïde “extraplastidial” (chez les Chromophytes par exemple), bien que situe à l’extérieur du stroma plastidial, est cependant situé à l’intérieur de la membrane externe du plaste.

Exutoire : L’exutoire est une ouverture dans un plan d’eau qui permet l’écoulement des eaux. L’exutoire est l’endroit où se déversent les eaux du lac. Comme le niveau de l’eau ne peut monter au-dessus du niveau de l’exutoire, celui-ci contrôle en même temps le niveau du lac: embouchure, émissaire.
Fertile : Susceptible de se reproduire ou de participer à la reproduction.

Filament : Terme descriptif de morphologie; souvent réservé aux thalles formés de files, bien individualisées, de cellules (peut être unisérié, plurisérié, etc.).

Foliacé : Terme descriptif de morphologie; thalle présentant un aspect de feuille (épaisseur faible par rapport à grandes longueur et largeur).

Fongique : Qui a trait aux champignons.

Fosse : Zone la plus profonde d’un plan d’eau.

Frayère : Lieu où les poissons se reproduisent et déposent leurs œufs.

Frustule : Paroi siliceuse des cellules des diatomées (Bacillariophytes) formée de 2 valves emboîtées; les décorations de ces valves sont utilisées comme critères taxinomiques.

Gabion : Cage en treillis métallique remplie de pierres rangées à la main. L’ensemble de plusieurs gabions se veut un dispositif de protection ou de soutien des rives.

Gamète : Cellule reproductrice mâle ou femelle, parvenue à maturité.

Gamétocyste : Cellule gamétogène dont le contenu se transforme en gamètes chez les thallophytes.

Gamétophyte : Thalle portant des gamétocystes. La génération gamétophytique est souvent haploïde chez les algues.

Gamie : Union de deux gamètes

Génération: Partie du cycle de vie commençant à l’œuf (ou à une spore) et se terminant à la formation de spores (générations sporophytiques) ou, de façon complémentaire, commençant à une spore et se terminant à des gamètes (génération gamétophytique).

Gonimoblaste : Ensemble de cellules qui, chez les Rhodophytes, engendrent les carpospores, directement ou indirectement à partir du carpogone, généralement après fécondation (donc diploïde).

Haploïde : Etat d’un individu ou d’une cellule possédant un seul génome

Haplostique : Type de structure caractérisé par des cellules non recloisonnées suivant des plans longitudinaux.

Haptères : Organes cylindriques et souvent ramifiés, situés à la base de certains thalles et en assurant la fixation comme chez Laminaria.

Haptonème: Appendice filiforme constitué de microtubules dont la taille varie selon l’espèce, et qui permettrait l’adhésion à un substrat, le déplacement de particules voire la capture de proies.

Haptophytes : Groupe d'algues unicellulaires caractérisées par la présence d'un appendice particulier différent des flagelles, l'haptonème. 

Hétérogénératée : Etat d’un végétal présentant des générations morphologiquement différentes

Hétéromorphe : De morphologie différente; terme utilisé, entre autres, pour caractériser l’alternance morphologique de générations d’un cycle de vie.

Hétérothallisme/homothallisme/pseudo-homothallisme: Ces termes décrivent les modalités de reproduction chez certains organismes, en particulier les champignons (au sens large).

- Un organisme homothallique peut engager la reproduction sexuée en absence de partenaire (autofertilité), alors qu'un organisme hétérothalliquenécessite la présence d'un partenaire de type sexuel génétiquement compatible (autostérilité).

- Le type sexuel (mating type en anglais) est dit bipolaire ou monofactoriel s'il en existe deux formes : exemple mata et matA chez de nombreux ascomycètes. Il est dit tétrapolaire ou bifactoriel si deux gènes interviennent pour définir le type sexuel, les combinaisons compatibles peuvent alors être complexes, c'est le cas chez de nombreux basidiomycètes.

- Un organisme est pseudo-homothallique si au cours de la reproduction sexuée 2 cellules de types sexuels différents sont nécessaires et si celles-ci sont portées par le même thalle issu de la reproduction sexuée (le thalle est alors une mosaïque de cellules des deux types sexuels et est donc autofertile !). On rencontre par exemple cette situation chez quelques ascomycètes comme Podospora anserina.

- un organisme est asexué si la reproduction sexuée n'est pas présente au cours de son cycle (ex, certains champignons ou certains rotifères). Attention, un organisme sexué est un organisme qui non seulement pratique la reproduction sexuée mais pour lequel la production des gamètes mâles et femelles se fait sur des individus différents.

Hétérotrophe : Se dit d'un organisme qui dépend des substances organiques pour son alimentation.

Holocarpie : Type de reproduction où tout le contenu du thalle se transforme en éléments fertiles; le thalle meurt ensuite (par exemple chez Caulerpa).

Hydrophyte : Végétal vivant sur un substrat constamment imprégné d’eau.
Hyménium : Partie fertile des champignons supérieurs formées d’asques ou de basides et de paraphyses.
Hyphe : un ou une hyphe est un type de cellules eucaryotes constituées de compartiments allongés appelés articles séparés par des cloisons appelées septum et dont l'ensemble forme un mycélium.

Intercalaire:  Terme descriptif de croissance, quand celle-ci est localisée entre deux cellules ou deux régions du thalle.

Intertidal : Se dit de la zone recouverte d'eau à marée haute et exposée à l'air libre à marée basse. Se rapporter à marée haute et à marée basse.

Intraplastidial: Localisé dans le stroma du plaste.

Ioduque: Cellule sécrétrice (contenant de l’iode ou d’autres halogènes) présente chez certaines Rhodophytes.
Isogamie : Union de deux gamètes de même taille
Isogénératée : Etat d’un végétal dont les générations sont morphologiquement semblables.

Isomorphe : De même morphologie; terme utilisé, entre autres, pour caractériser l’alternance morphologique de générations d’un cycle de vie.

Laminarane:  Polysaccharide de réserve (essentiellement à base de glucose) chez certaines Chromophytes.

Ligne des basses eaux : Niveau minimal atteint par un cours d’eau en période sèche ou selon les fluctuations naturelles.
Ligne des hautes eaux : Niveau maximal atteint par un cours d’eau en période de crues ou selon les fluctuations naturelles.
Littoral : Le littoral s’étend depuis la ligne des hautes eaux vers le centre du plan d’eau. Toutefois, sur le plan écologique, le littoral est défini comme étant la partie du lit du plan d’eau qui s’étend depuis la ligne des hautes eaux jusqu’à la limite inférieure des plantes submergées.
Macroalgue : Grosse algue; il s'agit généralement des algues que l'on peut discerner à l'oeil nu.
Macrophyte : Végétal aquatique de dimension visible à l’oeil nu. Il s’agit des plantes aquatiques et des algues Chara et Nitella par opposition au phytoplancton et au périphyton.
Macroscopique : Se dit des organismes qui sont suffisamment gros pour qu'on puisse les voir à l'oeil nu.
Macrotidal : Se dit des grosses marées dont l'amplitude est supérieure à cinq mètres.
Marais : Dans un marais, le substrat est saturé ou recouvert d’eau durant la plus grande partie de la saison de croissance de la végétation. Le marais est caractérisé par une végétation herbacée émergente. Les marais s’observent surtout à l’intérieur du système marégraphique et du système riverain.
Marécage : Les marécages sont dominés par une végétation ligneuse, arborescente ou arbustive croissant sur un sol minéral ou organique soumis à des inondations saisonnières ou caractérisé par une nappe phréatique élevée et une circulation d’eau enrichie en minéraux dissous.
Marée : Mouvement journalier d'oscillation de l'océan provoqué par la force de gravitation de la lune sur la Terre.
Mastigosome : Voir Blépharoplaste
Matières en suspension (MES) : Particules solides de petite taille, qui ont la possibilité de se maintenir un certain temps entre deux eaux. Il s’agit de particules de sol, de matière organique en décomposition ou bien d’organismes microscopiques. Ces particules proviennent entre autres de l’érosion des sols.
Méiospore : Spore résultant d’une réduction chromatique.

Mésoplastidié: Type de structure plastidiale caractérisant les algues ayant un réseau d’éléments plastidiaux réunis entre eux par des parties beaucoup plus fines.

Mésotrophe : État transitoire, stade intermédiaire d’un lac entre le stade oligotrophe et le stade eutrophe. Les lacs mésotrophes sont caractérisés par un enrichissement en matières organiques, une quantité de végétaux moyenne et un certain déficit en oxygène.
Métachromatine : Colloïde du vacuome des Champignons.
Microscopique : Se dit des organismes qui sont si petits que l'on ne peut les observer qu'au microscope.
Micto-haploïde : La structure micto-hploïde renferme des noyaux haploïdes mélangés, de polarités différentes et qui peuvent se multiplier par des mitoses, indépendamment les uns des autres.
Milieu humide : Les milieux humides sont des sites saturés d’eau ou inondés durant une période suffisamment longue pour influencer les composantes du sol et de la végétation. Se rapprochant davantage du milieu aquatique lors des inondations, le milieu humide devient presque un milieu terrestre durant les sécheresses. Les milieux humides agissent comme une protection naturelle en tant que zone tampon. Leur structure sert à la filtration des polluants et des sédiments en suspension dans l’eau. Ils sont aussi des régulateurs naturels, en retenant les surplus d’eau, diminuant ainsi les risques d’inondation et d’érosion des rives. Les marais, marécage et étang sont des exemples de milieux humides.

Mitose: La mitose permet aux cellules de se reproduire identiques à elles mêmes. Le matériel génétique de départ de mitose est divisé par deux à l'arrivée.Pendant le cycle cellulaire, la chromatine (matériel génétique) subit différents états : elle est compactée en chromosomes au début de la mitose, décondensée en fin de mitose.

Monoïque: Espèce où il n’existe qu’un type d’individu fertile, engendrant à la fois des gamètes mâles et femelles.

Morphologie : Description des formes extérieures des êtres vivants.

Multiaxial: Type de structure où le thalle est engendré conjointement par plusieurs axes (comparer avec uniaxial).

Mycélium : Appareil végétatif caractéristique des Champignons. Thalle formé de filaments, le plus souvent souterrains, donc inaperçus, et provenant de la germination des spores.

Myciculture ou fungiculture: La myciculture ou fungiculture est la culture des champignons comestibles. Elle se fait généralement dans des champignonnières.

Mycologue: Personne spécialiste dans l'étude des champignons ou plus scientifiquement, des mycéliums.

Mycologie: Science botanique qui étudie les champignons ou plus précisément des mycéliums.

Néoplastidié: Type de structure plastidiale caractérisant les algues qui possèdent plusieurs plastes par cellule.

Niche : Description des rôles et associations d'une espèce donnée dans la communauté à laquelle elle appartient.
Nitrites et Nitrates : Formes chimiques de l’azote assimilables par les végétaux aquatiques et essentielles à leur croissance. Les nitrites et les nitrates proviennent des engrais chimiques ainsi que des déjections humaines et animales.
Nutriment : Substance directement assimilable et nécessaire en petite ou grande quantité à l’existence et au développement des plantes et des animaux. Le phosphore et l’azote sont des nutriments relativement peu disponibles dans les eaux naturelles en comparaison aux besoins des végétaux.
Oligotrophe : Se dit d’un plan d’eau pauvre en nutriments (azote et surtout phosphore) dont la production de végétaux aquatiques est faible. Les eaux d’un lac oligotrophe sont transparentes et bien oxygénées.
Oocyste : Gamétocyste femelle, cellule qui donnera l’oosphère : Oogone.
Oogamie : Union d’un gamète femelle immobile avec un gamète mâle mobile de taille plus réduite.

Oogone: Cellule représentant un gamétocyste femelle, contenant une ou plusieurs oosphéres (ces dernières sont des gamètes non flagellés).

Oosphère : Gamète femelle immobile.
Osmose : Mouvement d'un solvant comme l'eau à travers d'une membrane perméable. Le mouvement se fait en partant d'une concentration élevée vers une concentration plus diluée.
Paléobotanique : Etude des végétaux fossiles.

Paramylon: Polysaccharide (à base de glucose) chez les Euglénophytes.
Paraphyses : Filaments  cellulaires végétatifs stériles intercalés aux éléments fertiles dans l’hyménium de certains champignons et certaines algues.

Parasite : Organisme se nourrissant aux dépens d’un autre être vivant.

Pariétal: Lié à la paroi; par exemple, un plaste pariétal est un plaste localisé près de la paroi de la cellule.

Parthénogénétique: Développement d’un gamète femelle, sans fécondation, en un nouvel individu.
Pélagique : Se dit de la surface de l'océan ou de la pleine mer.
Périthèce : Organe de fructification de certains champignons Ascomycètes renfermant des asques et ascospores.
Périttogamie : Fusion de deux cellules de thalle, haploïdes tenant lieu de fécondation chez certaines champignons Ascomycètes et Basidiomycètes.
Pesticides : Substances utilisées dans la lutte chimique contre les organismes considérés comme nuisibles à l’être humain. Ces substances peuvent être entraînées par ruissellement vers les milieux aquatiques où elles sont néfastes pour les organismes qui y vivent.
Périphyton : Algues microscopiques fixées à un substrat solide (roches, sédiments, plantes aquatiques, quais, embarcations, etc.) dans la zone littorale d’un plan d’eau.
Phialide : Filament mycélien bourgeonnant des spores végétatives ou des spermaties.
Phosphates : Formes chimiques du phosphore assimilables par les végétaux aquatiques et essentielles à leur croissance. Les phosphates proviennent des engrais chimiques, de certains détergents ainsi que des déjections humaines et animales.
Phosphore : Le phosphore est l’un des éléments nutritifs essentiels pour les végétaux. C’est généralement en limitant les quantités de phosphore rejetées dans les cours d’eau qu’on peut contrôler la croissance des algues et des plantes aquatiques.
Phosphore total : Mesure de toutes les formes de phosphore dans l’eau.

Photophile: (Terme d’écologie) qui aime la lumière; se dit des végétaux adaptés à de fortes énergies lumineuses.
Photosynthèse : Production d'une substance de type glucidique par les plantes vertes à partir de l'eau et du CO2, utilisant l'énergie solaire absorbée par les cellules.
Phycobiline : (et Phycobiliprotéine) Pigment contenu dans les algues rouges et les Cyanobactéries . Terme général pour désigner des pigments photosynthétiques surnuméraires tels que phycocyanine et phycoérythrine (et leurs protéines associées).

PhycocoIloïde : Terme général désignant les colloïdes extraits des algues (par exemple I’agar et les alginates).

Phycocyanine : Pigment bleu-vert des Cyanophytes et Rhodophytes.

Phycoérythrine : Pigment rouge des Rhodophytes et Cyanophytes.

Physodes : Inclusions réfringentes dans les cellules de certaines algues (abondantes chez les Chromophytes/Phéophycées) riches en composés phénoliques; se colorent en rouge avec la vaniline-chlorhydrique et en bleu avec le bleu de CrésyIe.

Phytoplancton : Ensemble d’algues microscopiques, comme les diatomées et les dinoflagellés, qui font partie du plancton et qui vivent en suspension dans l'eau.
Phytosociologie : Sciences qui étudie les associations végétales.
Plaine inondable : La plaine inondable est une étendue de terre occupée par un cours d’eau en période de crue.
Plancton : Petits organismes aquatiques qui vivent en suspension dans les couches supérieures de la colonne d'eau et qui dérivent au gré des courants sans possibilité de mouvements propres par rapport au déplacement des masses d’eau. On distingue le phytoplancton (végétaux) du zooplancton (animaux). Le plancton fait partie du pelagos par opposition au benthos.

Planogamie : Union de deux gamètes mobiles.
Plantes aquatiques : Végétaux aquatiques pourvus de chlorophylle ainsi que de véritables tiges, racines et feuilles.
Plasmode : Masse de protoplasme visqueux, appartenant à des organismes singuliers, qui se rattachent, les uns aux bactéries (myxobactéries), les autres aux  champignons (myxomycètes).
Plasmogamie : Fusion des cytoplasmes de deux gamètes.

Plaste: Organite cellulaire (limité par une double membrane au niveau ultrastructural) contenant les pigments et/ou l’amidon (chloroplaste, phéoplaste, rhodoplaste, amyloplaste). On distingue les individus homoplastidiés (tous les plastes sont semblables) de ceux hétéroplastidiés (spécialisation d’amyloplates pour le stockage de l’amidon et de chloroplastes pour la photosynthèse).

Pluriloculaire: Cyste qui, chez certaines Chromophytes, est formé de nombreuses logettes (chaque logette libère un seul zoïde).

Plurisérié: Formé d’une seule file de cellules quand celles ci sont recloisonnées longitudinalement (comparer avec unisérié); se dit aussi quand le thalle est formé de plusieurs files cellulaires.

Polystique: Type de structure caractérise par des cellules recloisonnées suivant des plans longitudinaux (comme chez Halopteris par exemple).

Pollution : Situation causée par la présence d'une substance, d'un organisme ou d'énergie en quantités telles que la qualité de l'environnement en est altérée.

Pore: Orifice de crypte pilifère, de conceptacle, ou de cystocarpe; on dit aussi ostiole; pour le pore d’un cystocarpe on dit aussi carpostome.

Procaryote (ou protocaryote): Cellule ne possédant pas de “vrai” noyau ni certains autres organites cellulaires comme les plastes; par extension, groupe d’organismes possédant ces caractéristiques.

Producteurs primaires : Végétaux qui fabriquent de la nourriture au moyen de la lumière solaire pour d'autres organismes.

Pyrénoïde: C’est une structure cellulaire interne aux chloroplastes des algues il concentre les enzymes responsables de la photosynthèse. Chez les algues vertes, le pyrénoïde est entouré de grains d’amidon.

Réceptacle: Partie différenciée et localisée des thalles, souvent renflée, qui porte les conceptacles fertiles chez certaines Chromophytes.

Renaturalisation : Technique d’implantation de plantes herbacées et arbustives sur les rives qui est utilisée pour corriger des problèmes d’érosion ou pour redonner un cachet naturel.

Rhizoïde: Excroissances cellulaires ou files de cellules généralement situées à la base d’un thalle et participant à la fixation.

Rhizomes: Tiges “vraies” des Phanérogames (et donc jamais présentes chez les thallophytes) généralement rampantes et enfoncées dans les sédiments; à ne pas confondre avec racines (dont la structure anatomique est différente).

Rive : Partie du milieu terrestre attenant à un lac ou à un cours d’eau. La rive assure la transition entre le milieu aquatique et le milieu strictement terrestre. Elle permet le maintien d’une bande de protection de 10 ou 15 mètres de largeur sur le périmètre des lacs et cours d’eau.
Ruissellement : Écoulement superficiel des eaux de pluies ou de la fonte des neiges, qui s’opère d’abord en filets ou en nappes avant de se concentrer en rigoles et dont la confluence produit les cours d’eau.
Saprophyte/saprobe/saprophytisme/saprotrophie : un saprophyte ou saprobe est organisme qui se nourrit de matière morte par osmotrophie. 
Saumâtre : Se dit de l'eau salée, mais dans une mesure moindre que l'eau de mer; s'applique à l'eau des estuaires.

Schizogonie : processus cellulaire au cours duquel un plasmode plurinucléé se transforme en cellules uninucléées.

Sciaphile: (Terme d’écologie) qui aime l’ombre; se dit des végétaux adaptés à de faibles énergies lumineuses.
Sclérote : Organe de réserve et de résistance des champignons qui leur permet de survivre en conditions difficiles. Il est formé d’hyphes rassemblés en amas compact en forme de tubercule.
Sédiment : Les sédiments sont un mélange de particules de sol de différentes grosseurs. Quand ils sont transportés par l’eau, les sédiments sont déplacés plus ou moins loin selon leur taille. Ils peuvent transporter avec différents nutriments dont le phosphore. En zone calme, ces particules ont la propriété de former un dépôt par décantation (sédimentation).
Sédimentation : Dépôt de sédiments.
Siphon : Thalle filamenteux non cloisonné.
Siphonogamie : Fécondation par l’intermédiaire d’un tube ou siphon.
Sore : Ensemble formé par des groupes de sporanges.
Spermatie : Gamète mâle non mobile.

Spermatocyste : Gamétocyste contenant les gamètes mâles (ces derniers sont en général nombreux).
Spore : Cellule haploïde ou diploïde assurant la propagation de l’espèce. C'est une cellule reproductrice dont la “finalité” est d’engendrer un nouvel individu, directement, sans fusion avec une cellule complémentaire

Sporocyste : Organe caractéristique des Thallophytes produisant des spores. Il provient d’une cellule mère dont tout le contenu se transforme en spores.
Sporophore : Organe porteur de spores, partie visible du champignon.
Sporophyte : Génération à 2n chromosomes, commençant avec le zygote et s’achevant avec la méiose. Chez certains Champignons, on considère la génération haplophasique comme sporophyte.
Stérigmates : Bourgeons filiformes de la baside supportant les basidiospores.
Stérile : Se dit des organes ou des individus qui ne portent pas d’éléments de reproduction
fonctionnels.
Stigma : Organite photosensible produit par l’appareil plastidial de certaines cellules mobiles d’Algues.

Stipe: Partie d’un thalle, souvent cylindrique et ayant l’apparence d’une tige, comprise entre la base de fixation et le reste du thalle (chez Laminaria par exemple).

Stolon : Filament grêle s’étalant dans le milieu et assurant la propagation végétative de l’espèce.
Stratification thermique : Dans un lac d’une bonne profondeur, nous retrouvons une stratification thermique (3 zones distinctes) qui est d’une grande importance. La première zone, celle qui est sur le dessus, se nomme épilimnion. Cette zone est la couche d’eau la plus chaude (20ºC). La deuxième zone se nomme métalimnion. Dans cette couche d’eau, nous observons une baisse de température constante (de 18 à 6ºC) qui correspond à la thermocline. La troisième couche se nomme hypolimnion. C’est la couche d’eau la plus profonde et la plus froide (4ºC). La température de l’eau cesse alors de varier même si on continue de descendre. Cette stratification offre une grande diversité de température ainsi qu’une bonne réserve d’oxygène. Dans un lac où la profondeur n’est pas suffisante pour observer ces séparations, les poissons ayant besoin d’eau fraîche, par exemple, ne pourront pas survivre.
Stroma : Filaments mycéliens agglomérés en massifs compacts.
Substrat : Support sur lequel se fixe un Thallophyte.
Symbiote/symbiose : association de deux organismes. On restreint souvent ce terme aux associations prolongées et pour lequel les deux organismes sont en contact physique. Si les deux organismes bénéficient de l'association on parle de mutualisme et les deux partenaires sont dits mutualistes. Si un des partenaires bénéficie au détriment de l'autre on parle de parasitisme. Le parasite vit alors au dépend de son hôte. Enfin, lorsque le bénéfice est minime ou nul, on parle de commensalisme.
Syncytium : Structure coenocytique.
Taxinomie (Taxonomie) : Etude de la classification et des règles qui président à son établissement.

Taxon: Une unité taxinomique d’un niveau quelconque (espèce, genre, famille, etc.).
Tétrade : Ensemble de quatre spores haploïdes issues de la méiose.

Tétrasporocyste: Chez les Rhodophytes, sporocyste produisant quatre tétraspores, généralement avec méiose.

Thallophyte : Végétal constitué par un thalle (sans feuilles, tiges, racines);
Thermocline : La thermocline est le phénomène de chute de la température dans le métalimnion. Couche d'eau où l'on peut mesurer à la verticale une forte variation de la température de l'eau.

Tophules : Chez Cystoseira, renflements du thalle avec accumulation de réserves, généralement situés à la base de rameaux caducs; ils sont à l’origine de la repousse ultérieure des nouveaux rameaux.

Tourbières : Milieux recouverts ou constitués de tourbe et dont la nappe phréatique est généralement élevée. Ils correspondent souvent à d’anciens lacs envahis par la végétation. La tourbière est un milieu où les plantes sont souvent à leur limite de tolérance. Une légère variation dans les caractéristiques (ex. : pH) peut entraîner l’élimination des espèces présentes. Il existe deux grandes catégories de tourbières : Bog (tourbière ombrotrophe) : milieu acide alimenté par l’eau de pluie et caractérisé par une dominance de sphaignes et éricacées. Fen (tourbière minérotrophe) : milieu moins acide que la bog et dominé par des herbacées et d’autres mousses que les sphaignes.
Transparence de l’eau : La transparence de l’eau s’évalue à l’aide d’un disque de Secchi. Il s’agit de la mesure de l’épaisseur d’eau jusqu’où la lumière pénètre. Cette mesure varie en fonction de la quantité de particules qui colorent ou troublent les eaux.
Tributaire : Cours d’eau qui se jette dans un cours d’eau de plus grande importance ou encore dans un lac.

Trichoblastes : Filaments unisériés, ramifiés, incolores et caducs, présents dans les parties jeunes de certaines Rhodophytes (par exemple Laurencia).

Trichogyne : Filament terminal du carpogone ou de l’ascogone.

Trichothallique : Se dit d’une croissance assurée par un méristème intercalaire qui engendre d’un côté une ou plusieurs files de cellules (caduques) et de l’autre côté les tissus (persistants) du thalle.

Turbidité : Condition plus ou moins trouble d'un liquide causée par la présence de matières en suspension.

Uniaxial: Type de structure où le thalle est engendré par un seul axe; la structure peut cependant être haplostique ou polystique.

Uniloculairee : Cyste qui, chez les Chromophytes, est formé par une seule loge contenant de nombreux zoïdes.

Unisérié : Forme d’une seule file de cellules.

Valve : Partie du frustule des diatomées.

Vasculaire : Relatif aux vaisseaux d'une plante, qui servent au transport des liquides.
Volve : Restant du voile général qui forme un sac membraneux ou un étui à la base du pied de certains champignons (exemple typique : l'amanite phalloïde).

Xanthophylle : Pigment photosynthétique surnuméraire (caroténoïde oxydé), jaune orange, particulièrement abondant chez certaines Chromophytes.

Xylane : Terme général désignant des polysaccharides dont la molécule de base est le xylose.

Zoïde : Cellule reproductrice flagellée; terme utilisé quand la nature exacte (gamète ou spore) de cette cellule est inconnue.

Zoospore : Spore flagellée (donc mobile).

Zygospore : Zygote enkysté des Zygomycètes.
Zygote : Œuf  formé par la fusion de deux gamètes.